مرحوم آيـت اللّه الـعـظمي خوئي در مدت زعامت خود با مصائب و مشكلات فراواني روبرو شدند، زيرا پس از تسلط عبدالكريم قاسم بر عراق و كودتاهاي مكرر، وضع روحانيت و مردم نجف، دچار مشكل شد.
كمونيستهاي وطني از يك سو و بعثيهاي بي رحم از طرف ديگر، عرصه را بر روحانيت تنگ كردند خـصـوصـا از سال 1389 كه بعثي ها روي كار آمدند، مصائب فراواني آفريده و آيت اللّه حكيم و پس از وي آيـت اللّه خوئي را با مشكلات انبوهي روبرو نمودند. در شهامت و استقامت اين مرد بزرگ همين بس كه در دوران تسلط بعثي ها ، آنان نتوانستند از اين مرجع بـزرگ، برگي به نفع خود دريافت كنند، يا در جنگ تحميلي عليه ايران، دست خطي از ايشان بگيرند و ايشان پـيـوسـته با حفظ مرجعيت و حوزه علميه نجف، كوچكترين باجي به آنان نداد و در عين حال نـاملايمات را تحمل مي كرد، تا آنجا كه گروهي از نزديك ترين ياران ايشان به جرم خدمت و ديانت به زندان افتادند و از سرنوشت آنان خبري بدست نيامد تا با سقوط رژيم بعث خبر شهادت آنها اعلام شد.
ايشان بـه خـاطـر نـاملايمات از يك طرف و كبر سن از طرف ديگر، دچار بيماري سختي شدند و هر چه علاقمندان و بزرگان تلاش كردند كه برايشان پزشكي از خارج بياورند، حزب بـعـث با آن موافقت نكرد و سرانجام به بيمارستان بغداد منتقل گشتند و با يك مداواي مرموز ايشان را مـرخـص كـردند و هيچ روشن نيست كه چگونه و به چه علتي از جهان رفتند، در تاريخ مرجعيت شـيـعـه ايـن مـسـالـه بـه تـجـربـه ثـابـت شـده است هر مرجعي كه به بيمارستان بغداد منتقل گشت، مرموزانه درگذشت.
سرانجام اين مرد بزرگ پس از يك عمر بابركت، عصر روز هشتم ماه صفر 1413 جان به جان آفرين سپرد و خبر درگذشت ايشان ساعتها مكتوم ماند و سرانجام راديو بغداد مجبور به بازگويي آن شـد، انتشار خبر موجي از اندوه در ميان شيعيان پديد آورد شيعيان مظلوم عراق كه در خوف و رعب عظيمي به سر مي برند، خود را آماده تشييع نمودند، ولي متاسفانه حكومت خونخوار بعث، حـتـي در خـود نـجـف اجازه تشييع نداد و آن مرد عظيم القدر در يك حكومت نظامي محلي در نيمه شب در صحن شريف در مدخل مسجد الخضرا كه جايگاه تدريسشان بود به خاك سپرده شدند و در تشييع ايشان جز چند نفر از شاگردان كسي حضور نداشت.